Nell'area dello stretto di Messina, l'Arco Calabro-Peloritano crea uno scenario naturale di superba bellezza, il cui territorio per posizione geografica, struttura geologica, morfologia, clima, flora e fauna, è uno dei centri più importanti del Mediterraneo. Il museo nasce, quindi, con lo scopo di raccontare, attraverso le numerose sezioni delle tre aree di Scienze della Terra, Scienze della Vita e Scienze Antropologiche, le peculiarità di tale territorio. Minerali, rocce e fossili, insieme a esemplari di specie viventi disposti secondo i criteri evolutivi dai poriferi ai mammiferi, nonché una considerevole sezione di botanica, rappresentano il patrimonio museale arricchito da un'ampia collezione di cartografia geo- e bio-tematica. All'interno del percorso sono inseriti i laboratori, con specifica strumentazione per lo studio e le osservazioni, anche microscopiche, dei reperti. Il museo, patrocinato dall'Università degli Studi di Messina e dal comune di Villa San Giovanni, ha visto impegnati nella sua realizzazione docenti, ricercatori e studenti dell'Ateneo di Messina. Ad oggi, è gestito dall'Associazione Geo-Culturale Khronos, costituita da un gruppo di esperti specializzati nelle differenti tematiche affrontate nel percorso museale. Nella nuova sede, operativa dal 19 ottobre 2013, gli spazi più ampi e il nuovo allestimento, curato nei particolari, danno ancora più valore ai pezzi esposti che testimoniano, ognuno, un aspetto diverso della storia naturale dello stretto di Messina da 1.700.000.000 di anni fa ai giorni nostri.