Dalla banchina del Porto Canale Leonardesco si inizia la visita entrando nel padiglione della sezione terra, dedicato alla marineria dell'alto e medio Adriatico. In questa sede sono esposti relitti risalenti al XVII secolo, imbarcazioni quali un trabaccolo e un bragozzo, materiali usati dall'uomo durante le navigazioni storiche e si è accompagnati da filmati d'epoca, video e installazioni didattiche. Una parte delle acque del porto è dedicata alla sezione galleggiante, dove sono ormeggiate dieci imbarcazioni da pesca utilizzate nell'alto adriatico tra fine '800 e primi '900 e poi ristrutturate. In estate alcune barche sono accessibili e due, come il trabaccolo Barchét e il bragozzo San Nicolò, partecipano a regate. Gli spazi del museo sono utilizzati anche per mostre, eventi, convegni e matrimoni