Palazzo Poggi, costruito nel 1549 come residenza cardinalizia e trasformato nel Settecento in Istituto delle Scienze, è oggi sede di diverse collezioni. La collezione del museo Aldrovandiano, istituito nel 1907 in una sala annessa alla Biblioteca universitaria, costruita nel 1741-1744 da Carlo Francesco Dotti per volontà di papa Benedetto XIV, comprende preziosi e rari volumi, manoscritti e materiale di studio, raccolti dal naturalista bolognese Ulisse Aldrovandi (1522-1605). La collezione delle navi e delle antiche carte geografiche, di eccezionale valore, espone la Camera di Geografia e Nautica dell'Istituto di Scienze che comprende modelli di vascelli da guerra (XVII-XVIII secolo) e mappe nautiche della stessa epoca, perfettamente conservati. La stanza dell'Ostetricia «Giovanni Antonio Galli» conserva tavole anatomiche, modelli d'argilla e strumenti chirurgici; la collezione venne allestita dal medico bolognese Giovanni Antonio Galli (1708-1782) per istruire levatrici e chirurghi; in seguito fu acquistata da papa Benedetto XIV e quindi donata all'Istituto delle Scienze nel 1757. Il Museo di Architettura militare, ideato da Luigi Ferdinando Marsili, fondatore dell'Istituto delle Scienze, espone modelli, tavole e schemi fortificatori settecenteschi utilizzati dagli studenti dell'arte militare