Il museo propone un nuovo percorso espositivo attraverso gli esotici ambienti della casa del capitano, ricostruiti fedelmente secondo lo spirito positivistico del collezionismo ottocentesco (la sala Colombiana, la sala Gotica, la sala delle Meridiane, il salotto Turco e la Cabina nautica) per poi proseguire negli ambienti ricavati dallo svuotamento del bastione cinquecentesco, dove sono conservati i reperti delle civiltà precolombiane di Centro e Sudamerica, degli Indiani delle pianure nordamericane, degli Hopi dell’Arizona, delle popolazioni dell’Oceania. L’allestimento, moderno ed essenziale, cerca di enfatizzare la loro valenza simbolica e rituale favorendo lo scambio e la comunicazione con il visitatore. Di recente il percorso museale è stato arricchito dalla sezione permanente dedicata all’etnomedicina. Di grande interesse è infine il Museo delle Musiche dei Popoli, che comprende un’esposizione di strumenti musicali rappresentativi di tradizioni colte e popolari del mondo.