Il museo comprende sinopie e affreschi di Mantegna e Correggio (da S. Andrea), marmi e avori medievali, una ricca collezione di smalti di Limoges, tele rinascimentali e seicentesche, il tesoro della Cattedrale, raffinati reliquiari dalla basilica di S. Barbara, una sezione di arazzi francesi di fine ’500 provenienti da Parigi, preziose oreficerie gonzaghesche. Raccoglie inoltre il più cospicuo corpo esistente di armature italiane tardogotiche. Si trova al primo piano dell’antico monastero gotico di S. Agnese, largamente ricostruito nel 1954; l’ampio chiostro interno risale al XV-XVI secolo, la facciata neoclassica è opera di Paolo Pozzo (1795).