Ospitato dal 1974 all'interno della prestigiosa sede di palazzo Te, progettato e affrescato nel XVI secolo da Giulio Romano per i Gonzaga, il museo è suddiviso in varie sezioni: la Donazione Mondadori, con 13 dipinti di Armando Spadini e 19 di Federico Zandomeneghi; la Sezione gonzaghesca, che riunisce medaglie, monete, pesi e misure, conii e stampi dal 1328 al 1707; la Collezione egizia, donata nel 1840 dal mantovano Giuseppe Acerbi e comprendente oggetti del delta del Nilo; la Collezione mesopotamica, con reperti antichi del vicino Oriente dal VI millennio a.C. al I d.C.