La facciata risale al 1929, mentre quella originaria è la fronte opposta che conserva ancora l’aspetto cinquecentesco e prospetta sul giardino pubblico. La nascita dell’Università è legata al testamento del sassarese Alessio Fontana (1558), che lasciò tutte le sue proprietà per fondare un collegio universitario. I corsi tenuti dai gesuiti iniziarono nel 1565; del 1617 è il diploma di Filippo III, riconoscimento ufficiale dell’Ateneo. Alla fine del XVII secolo, il prestigio dell’Università era alquanto decaduto e soltanto in seguito alla riorganizzazione sabauda del 1765 riprese nuovo slancio. L’edificio, costruito tra il 1559 e il 1566 su progetto di Fernando Ponce de Léon, ampliato nel ’600, si articola attorno a un chiostro circondato da un doppio ordine di logge. Un ampio scalone conduce al piano superiore, dove l’Aula Magna (1929) è decorata con tele di Mario Delitala. Nel Rettorato si conservano ritratti di sovrani sabaudi, fra cui quelli di Vittorio Amedeo III di Giovanni Antonio Molinari (1774-75) e di Carlo Felice di Giovanni Battista Biscarra (1830), la statua marmorea di Ebe (1836 circa) di Andrea Galassi e la mazza d’argento con i simboli delle facoltà (1765) del piemontese Giovanni Michele Graneri. La Biblioteca universitaria ha un patrimonio librario di oltre 200 000 volumi; fra i manoscritti il celebre Condaghe di S. Pietro di Silki (XII-XIV secolo), uno dei primi documenti in volgare sardo.