La chiesa, inserita nel percorso museale, è trasformata in uno spettacolare spazio espositivo per le mostre temporanee. Nell'interno l'edificio è scandito da tre navate di uguale altezza, con volte decorate da gigli angioini e dalle bande bianche e rosse d'Ungheria, emblemi araldici della fondatrice, Maria d'Ungheria. A sinistra è il sepolcro della regina, capolavoro di Tino di Camaino e prototipo delle tombe angioine a tabernacolo; di fronte la cappella Loffredo, con affreschi del 1315-20.