Il chiostro fa da atrio alla cappella della Compagnia dei Disciplinati di S. Giovanni Battista, fondata nel 1376. È detto dello Scalzo perché durante le processioni dei Disciplinati l’uomo che portava la croce andava a piedi nudi.<br>Lo decora un ciclo di affreschi monocromi con le storie di S. Giovanni Battista, realizzato da Andrea del Sarto fra 1507 e 1526. Due delle scene sono opere del Franciabigio.