Sorge poco sotto la sommità del monte. Arrivandovi, per un passaggio sul retro del convento, si entra in un piazzale sul quale sono: la Chiesa Maggiore o Basilica, del sec. XIV-XV, che ha nell'interno rinascimentale terrecotte di Andrea Della Robbia (Adorazione del Bambino*, Annunciazione*); la chiesetta di S. Maria degli Angeli, fondata nel 1216, poi modificata, che custodisce un prezioso dossale* con l'Assunta che dona la cintola a S. Tommaso fra i Ss. Francesco e Bonaventura, di Andrea Della Robbia. Per un corridoio, decorato di affreschi, si accede alla cappella delle Stimmate, che risale al 1263; all'interno, tondo* robbiano (Madonna col Bambino), grande terracotta (Crocifissione) di Andrea Della Robbia e coro cinquecentesco. Nel pavimento una pietra coperta da vetro segna il punto dove Francesco avrebbe ricevuto le stimmate. Si visitano, inoltre: le cappelle di S. Bonaventura e di S. Antonio da Padova; la prima e la seconda cella di S. Francesco; il Sasso Spicco, enorme roccia sporgente sotto la quale soggiornò pure il santo.