La bella chiesa che ne ricorda il toponimo (Caponapoli era il settore più elevato della città antica, dove sorgeva l'acropoli e dove, nell'alto medioevo, vennero eretti molti monasteri) venne fondata nel 1412 e rifatta nel 1516-32. Conserva all'interno gran parte delle decorazioni architettoniche (notevoli quelle della trabeazione in arenaria sopra le cappelle), mentre numerose tra le tante opere che custodiva sono state rubate. Tra quelle rimaste: nel transetto e nel presbiterio, dipinti di G. B. Beinaschi che vi fu sepolto; nella cappella a destra del presbiterio, sepolcro di Giovannello de Cuncto e della moglie Lucrezia di Giovan Tommaso Malvito (1517); in sagrestia, Madonna delle Grazie di Giovanni da Nola, di cui è anche la Deposizione nella prima cappella sinistra; nella sesta sinistra, Incredulità di S. Tommaso di Girolamo Santacroce.