Da piazza del Comune e in pochi passi in discesa, si arriva all'ex chiesa, realizzata assieme al convento tra il 1336 e il 1340; le cappelle del lato destro, unite a formare una navata minore, sono state aggiunte nel ‘600. L’importanza di S. Francesco è data dal fatto di essere stata nei secoli non solo un riferimento religioso, ma anche politico: qui si svolgevano infatti le riunioni pubbliche e l'elezione dei priori, in armonia tra potere temporale e civile. In questo quadro si colloca la famosa committenza dei frati minori che a metà Quattrocento chiamarono a lavorare in città Benozzo Gozzoli, al quale si deve il ciclo della vita di S. Francesco, destinato a influenzare la pittura umbra per tutta la seconda metà del secolo. Dal 1895 la chiesa è stata trasformata in Museo civico.