L'originalità architettonica di questo grandioso complesso è data dalla sovrapposizione di due chiese, ma anche dalla duplice fila di altissimi archi del Sacro Convento.<br>Alla decorazione pittorica si dedicarono le maggiori personalità artistiche del tempo, diventando il tempio un documento di eccezionale qualità soprattutto per la produzione ad affresco del Due-Trecento italiano.<br>In apparente contrasto con l'interno è la facciata, gotica ma adattata ai gusti locali, dalle linee semplici che vengono spezzate da un portale gemino e da una splendida rosa doppia; sul fianco sinistro si alza l'alta mole del campanile (1239) quadrangolare, di forme romanico umbre, privato della cuspide nel 1530.<br>Nella chiesa inferiore, attraverso un portale gemino della seconda metà del Duecento, preceduto da un protiro rinascimentale, si accede all'unica navata divisa in cinque campate il cui fulcro è la sepoltura del santo. Le pareti della navata, il cui pavimento pende verso l'altare maggiore, sono coperte da affreschi del Maestro di S. Francesco, tra i primi a essere eseguiti (1253 circa): adestra le storie di Cristo e a sinistra le storie di S. Francesco, a sottolineare il 'legame' tra Cristo e il santo.<br>A metà della navata due scalette scendono alla cripta dove venne scoperto (1818) il corpo del santo, riposto da frate Elia dietro a tre lastre di travertino.<br>Tornati nella navata, si visitano le cappelle laterali: la terza destra è completamente decorata di affreschi di Giotto e collaboratori. Nel presbiterio l'altare maggiore, consacrato nel 1253, è doppio e in stile gotico con mensa in pietra bianca donata dall'imperatore di Costantinopoli Giovanni di Brienne. Celebri gli affreschi delle quattro vele della volta (1322) raffiguranti le Allegorie delle Virtù francescane (Povertà, Castità, Obbedienza) e la Gloria di S. Francesco: la critica recente tende ad attribuire questi affreschi a vari aiuti diretti da Giotto. La volta del braccio destro della crociera è interamente coperta da due grandi fasce di affreschi realizzati da collaboratori di Giotto sotto la sua direzione; la Madonna col Bambino in trono, quattro angeli e S. Francesco è l'unico dipinto superstite della decorazione precedente, opera di Cimabue. La Crocifissione è attribuita all'intervento diretto di Giotto; sulla parete di fondo sono attribuiti a Simone Martini i cinque santi, la quarta figura dei quali è la bellissima immagine creduta di S. Chiara (in realtà, S. Margherita).<br>Nell'abside semicircolare è custodito un superbo coro ligneo goticizzante, intagliato e intarsiato da Apollonio Petrocchi da Ripatransone e aiuti, mentre alle pareti il Giudizio finale di Cesare Sermei (1623). Il braccio sinistro della crociera è decorato da affreschi eseguiti nel 1315-20 da Pietro Lorenzetti e aiuti, tra i quali spiccano, sul lato sinistro, una Crocifissione e una Madonna col Bambino tra i Ss. Francesco e Giovanni Evangelista del maestro senese. Si devono, invece, a Simone Martini gli affreschi della prima cappella sinistra della navata, vero capolavoro di misticismo e grazia (1312-20) in cui viene narrata la vita di S. Martino.<br>Usciti dalla penombra della Chiesa inferiore si sale alla Basilica superiore: il rosone, i finestroni delle campate, le vetrate dell'abside richiamano i modelli nordici pervasi di luce.<br>All'interno, le pareti della navata sono scandite in alto da 34 affreschi con storie del Vecchio (a destra) e Nuovo (a sinistra) Testamento, eseguiti da diverse maestranze che sostituirono Cimabue. Al di sotto del ballatoio, invece, si sviluppa lo stupendo ciclo di 28 affreschi riguardanti la vita di S. Francesco attribuito a Giotto sia come artefice che come supervisore delle diverse maestranze che intervennero.<br>Nel transetto, interamente decorato da Cimabue, spicca la Crocifissione (braccio sinistro della crociera), una delle più drammatiche e potenti composizioni del maestro. Nell'abside, stupendo coro ligneo, opera di Domenico Indivini e aiuti (1491-150