I moderni edifici che la circondano allontanano quell'atmosfera di religioso ritiro che Francesco doveva aver amato in queste zone. Nel 1205 il santo scelse come dimora l'abbandonata cappella della Porziuncola (X-XI secolo), all'epoca immersa tra le selve, restaurandola e fondandovi l'Ordine francescano. Fu questo il luogo dove il Poverello abitò più di frequente, dove diede il saio a Chiara e dove si tenne il capitolo «delle stuoie» al quale intervennero più di 5000 frati. È una semplice costruzione rettangolare decorata da affreschi tre-quattrocenteschi, attorno alla quale fu realizzata tra il 1569 e il 1679 la grandiosa Basilica (Galeazzo Alessi), a tre navate con alta e slanciata cupola, cerchiata dopo il 1832, che emerge dalla pianura circostante da qualsiasi punto la si guardi, con la statua dorata della Madonna che la sovrasta. L'interno ospita la più organica raccolta di pittura umbra tra Cinquecento e Seicento.<br>All'inizio del presbiterio si apre la cappella del Transito, l'antica cella dell'infermeria in cui san Francesco spirò, arricchita da affreschi dello Spagna e da una terracotta smaltata di Andrea Della Robbia, autore pure del magnifico dossale in terracotta smaltata custodito nella cripta.<br>Non è possibile lasciare la Basilica senza aver visitato il roseto, il piccolo spazio di terreno piantato a rosai senza spine, legato a una leggenda della vita del santo. Subito dopo è la cappella del Roseto composta da tre ambienti, tra cui l'oratorio di S. Bonaventura, affrescato da Tiberio d'Assisi nel 1506.