Più correttamente S. Giovanni in Fonte, fu eretto da Costantino contemporaneamente alla basilica, su una villa del sec. I e su un edificio termale del sec. II. Sisto III vi aggiunse l'atrio e i papi Ilario e Giovanni IV le cappelle ai lati del vano interno ottagonale. All’interno un recinto formato da due ordini di colonne architravate, sorreggenti la cupola e racchiudenti l'urna per battesimi a immersione. Nella cappella di S. Rufina o dei Ss. Cipriano e Giustina, si segnala un mosaico del sec. V; in quella di S. Venanzio la decorazione musiva dell'abside e dell'arco trionfale del sec. VII; in quella di S. Giovanni evangelista i battenti in bronzo della fine del sec. XII, e pregevoli affreschi di Antonio Tempesta e Ambrogio Buonvicino, autore anche degli stucchi (1597-1601). La cancellata a destra del Battistero segna l'ingresso al Pontificio Ateneo Lateranense, entro il cui recinto si conserva un'aula termale in laterizio (prima metà del sec. III) aperta da tre archi a doppia ghiera e in origine coperta da una volta a crociera.