Voluta da Leone X che commissionò progetti ad Antonio da Sangallo il Giovane, a Baldassarre Peruzzi, a Michelangelo, a Raffaello e a Jacopo Sansovino, fu iniziata da quest'ultimo nel 1519, continuata dal Sangallo il Giovane e da Giacomo Della Porta (sue sono le navate attuali); la cupola, per la quale fu interpellato di nuovo Michelangelo, venne realizzata nel 1602-1620 da Carlo Maderno assieme alla volta interna a botte e al transetto. La facciata è in travertino, con otto semicolonne corinzie nell'ordine inferiore e quattro in quello superiore; sul timpano del portale centrale, stemma di Clemente XII con ai lati la Virtù e la Fortezza di Filippo Della Valle. L'interno, ripartito in tre navate da un poderoso ordine di pilastri in muratura con addossate lesene corinzie e con cinque cappelle per lato, è una rara traduzione in architettura del clima austero conseguente al concilio di Trento, modificata da decorazioni barocche. In una nicchia sopra la porta della sagrestia, S. Giovannino di Mino del Reame (c. 1500). Il presbiterio, su schema di Pietro da Cortona (1634) condotto da Francesco Borromini e ultimato da Ciro Ferri (1673-76), presenta al centro del grandioso altare dello stesso Borromini, il Battesimo di Gesù, gruppo marmoreo del Raggi (1669); su disegno di Borromini anche i monumenti di Orazio Falconieri e Ottavia Sacchetti con la Fede (destra; Domenico Guidi) e del cardinale Lelio Falconieri con la Carità (sinistra; Ercole Ferrata); l'illuminazione naturale proviene da aperture nascoste. Nella chiesa vennero sepolti il Maderno e Borromini: una lastra tombale nella navata mediana, sotto la cupola, ricorda il primo; una lapide murata nel 3° pilastro a sinistra commemora il secondo.