La basilica, detta semplicemente il Santo, è uno dei più famosi santuari d'Italia. Venne eretta in forme romanico-gotiche fra il 1232 e la metà del '300 per custodire la tomba di S. Antonio da Padova (nato a Lisbona nel 1195, morto a Padova, all'Arcella, nel 1231). La copertura a otto cupole, la mescolanza di elementi bizantini, veneziani e del romanico francese perigordino, le torricelle e i due campanili ottagonali simili a minareti danno alla basilica un aspetto orientaleggiante. All'interno, nel transetto destro, la trecentesca cappella di S. Felice*, di bella architettura gotica, è rivestita di preziosi affreschi (Leggenda di S. Giacomo*, Crocifissione* e altre scene) di Altichiero (1374-78). Nel presbiterio, l'altare maggiore è ornato di mirabili bronzi di Donatello** (1443-50) e aiuti. A sinistra dell'altare, ricchissimo candelabro* in bronzo di Andrea Briosco (1515). Intorno al presbiterio gira il deambulatorio, sul quale si aprono cappelle a raggiera; la 5ª cappella, delle Reliquie, custodisce un ricco tesoro*: notevoli alcuni reliquiari, navicelle per l'incenso (sec. XV) e le casse di legno che contennero i resti del Santo. Al termine del deambulatorio la cappella della Madonna Mora comunica con la cappella del beato Luca Belludi (1382), decorata da affreschi* di Giusto de' Menabuoi. Nel transetto sinistro è la cappella dell'Arca del Santo*, iniziata nel 1500: alle pareti, nove rilievi con fatti della vita del Santo, di scultori del '500 tra i quali Tullio e Antonio Lombardo e Jacopo Sansovino (Il Santo risuscita un'affogata*, 1563); nel mezzo, il ricchissimo altare, su disegno di Tiziano Aspetti (1593), dietro il quale è l'arca del Santo. Dalla navata destra si passa a visitare i chiostri (sec. XIII-XV). Il primo, il chiostro del Capitolo o della Magnolia, nucleo più antico del monastero (1240), dà l'accesso al Consiglio della Presidenza dell'Arca, che custodisce l'affresco (SS. Antonio e Bernardo adoranti*) di Andrea Mantegna, già nella lunetta del portale maggiore della basilica.