Posto al di là della canonica, è in realtà un’elegantissima cappella ricavata da una torre dell’antico castello. Sulle pareti e sulla volta si svolge il celebre ciclo di affreschi con scene della vita di S. Giovanni Battista, capolavoro della maturità di Masolino da Panicale (1435 circa), perfetta sintesi fra il gotico internazionale e il rinascimento toscano. Il culmine si ha nel Battesimo di Cristo, ma è notevole anche la vertiginosa prospettiva nella scena del Banchetto di Erode. Al centro, di eccellente fattura il coevo fonte battesimale.