Sono uno dei pochissimi cimiteri cristiani rimasti sempre accessibili e perciò molto devastati. Dalla basilica primitiva, ricostruita nel 1933 su resti antichi, una scala scende nelle gallerie dove sono vari cubicoli, con pitture del sec. IV. Si giunge alla ripristinata cripta di S. Sebastiano, con altare a mensa e busto di S. Sebastiano attribuito a Bernini. Di qui si arriva alla Piazzuola, sotto la quale si sviluppa una cavità arenaria cui si deve forse il nome di «ad catacumbas» (da «katà» = presso e «kymbas» = cavità) che ebbe questo cimitero e che si estese poi agli altri. Sulla Piazzuola si aprono tre mausolei della seconda metà del sec. II utilizzati successivamente da Cristiani. Il primo a destra, decorato esternamente con pitture, conserva l'iscrizione col nome del proprietario, Marcus Clodius Hermes; l'interno, con sepolture a inumazione e pitture, è decorato sulla volta da una testa di gorgone. Il secondo, detto degli «Innocentiores» in quanto proprietà di un collegio funeraticio, presenta un descenso con volta decorata da stucchi raffinati; in alcuni vani sono iscrizioni greche nei caratteri ma in lingua latina. A sinistra è il mausoleo dell'Ascia, dall'arnese raffigurato all'esterno, la cui decorazione è formata da tralci di vite nascenti da kàntharoi posti su finti pilastri.Dalla Piazzuola si sale alla cosiddetta «Triclia», luogo dove si celebravano banchetti funebri; le pareti intonacate del vano mostrano centinaia di graffiti di devoti, incisi dalla seconda metà del sec. III agli inizi del IV, con invocazioni agli apostoli Pietro e Paolo. Nell'antico ambulacro, che gira attorno all'abside, è ordinata una raccolta di epigrafi e un plastico completo degli ambienti; si scende poi nella «Platonia», costruzione posteriore alla basilica che erroneamente si credeva luogo della sepoltura temporanea dei due apostoli. A destra della «Platonia», la cappella di Onorio III, con interessanti pitture del sec. XIII; a sin., mausoleo absidato con il graffito «domus Petri» che si ritiene alluda a una dimora sepolcrale dell'apostolo. Sotto la navata destra della basilica, si trova un bel sarcofago con scene bibliche (prima metà sec. IV); in questa zona si trova una ricca villa suburbana con pitture e la cosiddetta villa piccola, a due piani, con affreschi databili tra fine II e inizi III, che potrebbe essere stata la residenza dei custodi del sepolcreto. Intorno alla basilica è stata individuata inoltre una serie di celle sepolcrali e di grandiosi mausolei, alcuni ancora visibili.