Il museo conserva reperti archeologici di epoca romana provenienti dai fondali marini e dagli scavi condotti nella villa Giulia a punta Eolo (affreschi, marmi e stucchi). Un plastico ricostruttivo illustra l'insediamento umano sull'isola in epoca romana imperiale. Devastata dai saraceni, l'isola rimase disabitata per secoli, fino a quando Ferdinando I la ripopolò con contadini e pescatori d'Ischia. Ferdinando IV vi istituì un bagno penale, dove durante il fascismo furono detenuti numerosi prigionieri politici