Ospitato nella palazzina della Dogana Clementina (1764), comprende manufatti recuperati tra le rovine del Museo comunale, distrutto nella seconda guerra mondiale, e reperti rinvenuti durante la ristrutturazione della zona portuale e in scavi nelle necropoli del territorio e nel vicino sito delle Terme di Traiano o Taurine (visitabili). La collezione comprende sculture, epigrafi, rilievi funerari, anfore, materiale votivo, ceramiche, bronzi e ancore romane. Tra le sculture, copie da originali greci (ritratti di Socrate, di Cnidia da Prassitele e di Diadumeno da Policleto) rinvenute nel porto e tre teste di imperatori (I-II secolo d.C.); tra le iscrizioni, si ricorda quella di Leone IV (854) collocata sopra la porta di Centumcellae (l'antica Civitavecchia) da lui fatta ricostruire