Inaugurato nel 2000, il museo è concepito come realtà integrata e diffusa sul territorio. Il percorso si articola in due itinerari: il primo si svolge intorno all'insula del duomo e raggiunge i maggiori monumenti sacri del centro cittadino; il secondo percorso ruota intorno all'erigendo Museo del Seminario, toccando gli antichi conventi siti sulle colline circostanti la città. Il nucleo espositivo del Museo diocesano è ospitato negli spazi adiacenti alla cattedrale: le strutture della trecentesca chiesa di S. Giovanni Battista, la cinquecentesca cappella dell'Immacolata e gli antichi ambienti dell'Episcopio concorrono con le collezioni di diversa natura a rappresentare la millenaria storia della diocesi nolana. Le sale sono dedicate all'esposizione di argenti, paramenti, opere scultoree in marmo e legno, dipinti dal XV al XVIII secolo. Interessante la sezione documentaria e libraria, parte del patrimonio dell'attiguo Archivio storico diocesano. Il museo ospita periodicamente mostre tematiche allestite nella sala dei Medaglioni, così denominata per i ritratti dei vescovi nolani dipinti nei tondi delle pareti.