Le civiche raccolte archeologiche e numismatiche hanno sede dal 1965 nell’ex Monastero Maggiore, che nella Milano prenapoleonica era il principale convento femminile. L’edificio, d’origine quattro-cinquecentesca, fu parzialmente demolito fra 1864 e 1872, e notevolmente danneggiato dalle bombe del 1943, ma ha ancora al suo fianco la chiesa di S. Maurizio. Dalla primavera del 2011 il museo può contare su nuove sale in via Nirone. Il pianterreno è destinato a mostre temporanee, mentre gli altri tre livelli ospitano, rispettivamente, la sezione altomedievale (oreficerie, armi, epigrafi, e la ricostruzione paleoantropologica di un guerriero, di una donna gravida e di un mercante, a partire da scheletri rinvenuti in necropoli lombarde); la sezione etrusca, che spazia dall’età villanoviana (nono-ottavo secolo a.C.) fino al secondo e al primo secolo a.C. (con ceramiche, bronzi, urne e un grande sarcofago fittile da Tarquinia), e la sezione di reperti greci e della Magna Grecia (con ceramiche corinzie, attiche, italiote e di Egnazia, elmi, paste vitree, un frammento di vaso di Euphronios della fine del sesto secolo a.C., e un cratere a campana con scena di commedia, del quarto secolo a.C.). Dal secondo piano, una passerella vetrata – dalla quale è possibile vedere i resti di una domus del primo secolo a.C. – attraversa un varco aperto dalle monache nelle mura romane, e mette in comunicazione col corpo originario del museo. Questo si concentra sugli undici secoli di storia della Milano romana (dal quinto secolo a.C. fino al quinto secolo d.C.), e ha il suo spazio principale al pianterreno con sculture (Afrodite-Aura), ritratti (una notevole testa ritenuta di Massimino il Trace), mosaici, ceramiche, lucerne, vetri (coppa Diatreta), bronzi e argenti (l’importante patera di Parabiago). L’allestimento dei due chiostri è dedicato all’architettura pubblica e privata e alle epigrafi, mentre nel sotterraneo si trovano mosaici pavimentali, e il prezioso nucleo da Caesarea Maritima (Israele), dono per una campagna di scavi milanese, oltre a una piccola sezione di arte del Gandhâra. Il nuovo percorso museale consente, grazie a grandi aperture vetrate, di vedere da vicino le due torri tardo-romane del terzo-quarto secolo: quella quadrata, già parte delle carceri del circo, e l’altra, poligonale, riferibile alla cinta muraria di Massimiano. È molto apprezzata anche la ricostruzione didattica a pannelli della «Mediolanum» imperiale.