Il Centro visite ospita un acquario delle specie ittiche lagunari, un terrario dedicato a testuggini autoctone e alloctone, una sezione museale naturalistica che illustra la biodiversità di flora e fauna presente sul territorio e la sezione etnografica "Casa del Pescatore", che raccoglie elementi della cultura materiale e immateriale della comunità lesinese. Presso il Centro si possono prenotare escursioni in barca sulla laguna e visite guidate. Inoltre, come struttura accreditata dal Ministero dell'Ambiente come centro di esperienza della rete INF.E.A della Regione Puglia, il Centro visite organizza attività di educazione ambientale rivolte alle scolaresche di ogni ordine e grado.