È, questo, tra i più antichi e prestigiosi istituti del genere nel mondo, fondato - per agevolare lo studio della fauna sottomarina – nel 1872-74 e ospitato in un edificio eretto da Adolf von Hildebrandt; tra le sue attività, occorre citare anche l'organizzazione del Turtle Point a Bagnoli, centro per la salvaguardia delle tartarughe marine. L'annesso Acquario, aperto nel 1874, fu il primo in Europa ed è esclusivamente dedicato alle specie presenti nel golfo di Napoli (ospita circa 200 specie in 30 vasche); è interessante anche per l'approccio scientifico e didattico che lo caratterizza. La vecchia sala di lettura della Biblioteca e decorata da affreschi di Hans von Marées (1873) raffiguranti Scene agresti e Marine, importante testimonianza del fascino esercitato sugli uomini del Nord Europa dall'ambiente e dalle genti dell'Italia meridionale.