Accanto al Palazzo Vescovile è il palazzo del Seminario, eretto tra il 1694 e il 1709 su progetti di Giuseppe Cino. Oltre all'armonioso prospetto in bugnato liscio, con due ordini di finestre ornate e un portale sormontato da loggia a tre archi, si ammiri nel cortile il pozzo, con vera ovale dall'esuberante decorazione barocca a tralci d'acanto, grappoli d'uva e angeli che reggono festoni. Dal cortile si ha accesso a una cappella contenente un S. Gregorio taumaturgo (1696) di Paolo De Matteis e alla ricca Biblioteca innocenziana. Gli ambienti all'interno del Seminario sono stati adibiti a Museo diocesano d'Arte sacra, che conserva al suo interno dipinti, paramenti liturgici e sculture, tra cui spicca un'Assunta di Nicola Fumo. Sempre nel palazzo del Seminario ha sede la Biblioteca innocenziana, che custodisce volumi rarissimi.