L'importante stazione archeologica occupa il sito di un centro indigeno ellenizzato di notevole rilevanza commerciale, posto sull'asse di collegamento interno fra la costa settentrionale tirrenica e quella meridionale, sul mar d'Africa. Costruita al centro di un avvallamento pianeggiante, circondato da una cresta di colline Morgantina era facilmente difendibile e aveva sotto il suo dominio vasti territori produttivi. Distrutto il primo insediamento, il centro urbano venne ricostruito intorno al V secolo a.C. e conobbe il periodo di massimo sviluppo in epoca ellenistica (IV-III sec. a.C.), sotto l'egida del tiranno di Siracusa Agatocle. È da riferirsi a tale fase la realizzazione dell'acropoli di cui rimangono esigui resti sul monte Cittadella, a circa un chilometro e mezzo dal sito dell'agorà. La città ebbe vita breve: nel 211 a.C. venne distrutta dai romani, che la tennero in uno stato di asservimento fino al I secolo d.C. Il luogo è molto suggestivo, perché lontano da centri abitati: gli scavi hanno rivelato l'interessante planimetria dell'agorà. Nella porzione superiore della piazza si trovano i resti del bouleutérion (ospitava il consiglio delle antiche polis greche) e quelli del ginnasio romano. Una fontana monumentale precede un lungo portico, scandito da colonne di cui si conservano le basi. Nello spiazzo centrale è il macellum, un complesso di botteghe di età romana. Alle spalle del portico passa una strada lastricata, dalla quale s'imbocca la salita alla collina che ospita il quartiere residenziale di levante, con abitazioni signorili con raffinate decorazioni parietali e mosaici pavimentali figurati (III sec. a.C.), come la casa del Capitello dorico e la casa del Ganimede. Nell'agorà inferiore, il lato ovest è occupato dal teatro (IV sec. a.C.). Le strutture murarie al centro della piazza sono state interpretate come un santuario (V-III sec. a.C.) dedicato alle divinità sotterranee, quelle a est come un lungo granaio, mentre oltre il granaio si trovavano alcune fornaci per la produzione ceramica.