Nel 1729 per regio decreto venne fondato l'Orto botanico, la cui funzione è da sempre collegata alle attività d'insegnamento e ricerca della facoltà di Botanica dell'Università: dalle originarie 1200 unità di piante coltivate nella seconda metà del '700 si passò, nel giro di circa un secolo, alle 12000 raccolte tra tutte le specie conosciute del pianeta e perfettamente acclimatate grazie alle serre, già presenti nella prima disposizione. L'attuale edificio, costruito nel 1870, ospita laboratori e aule. Molto importanti anche le collezioni di erbari storici, la raccolta iconografica e una ricchissima biblioteca scientifica.