Il museo ha sede nella rocca fatta costruire nel 1354 dal cardinale Egidio Albornoz e poi rimaneggiata. L'esposizione, che vuole presentare gli aspetti più rappresentativi della civiltà etrusca in quella parte di territorio che si definisce Etruria meridionale interna, è strutturata su tre piani. Al piano terra si trova una sezione dedicata a due centri entruschi del Viterbese, San Giovenale e Acquarossa, con ricostruzioni a grandezza naturale di edifici del VII-VI secolo a.C. Al primo piano sono ospitate due sezioni relative a centri dell'Etruria interna, quale Ferento, con la decorazione scultorea del teatro (ciclo delle Muse, II secolo d.C.), e il sito di Musarna. Al secondo piano sono esposti reperti provenienti da San Giuliano, Blera, Norchia, Castel d'Asso, Bisenzio, Viterbo e altri centri. In una piccola sala è sistemata la biga etrusca di Ischia di Castro con il suo prezioso corredo (VI secolo a.C.)