All'interno del museo operano il Centro di Recupero e di Marcatura delle Tartarughe marine e l'Osservatorio faunistico provinciale con annesso il Centro di Accoglienza Fauna selvatica in difficoltà. Collabora con la stazione di Zoologia di Napoli Anton Dohrn. Raccoglie varie collezioni ornitologiche, malacologiche, entomologiche, botaniche e paleontologiche: di recente è stata acquisita una raccolta di crani di ominidi, istituita una sezione di paleoantropologia e creato il Centro di Accoglienza Fauna esotica abbandonata, con annesso rettilario e insettario. Di particolare interesse scientifico è la sezione di Embriologia e Teratologia, che consta di diversi reperti in formalina di feti animali normali e teratologici