La sezione museale Città e Territorio costituisce la premessa di un progetto di più ampio respiro, nato allo scopo di tutelare e valorizzare l'insieme delle emergenze antiche, ma anche per recuperare aspetti e documenti di cultura tradizionale e contadina. La stessa localizzazione del museo, all'interno di abitazioni rurali stratificatesi dal XVIII secolo sui resti dell'antico edificio teatrale romano, tende a valorizzare le antichità sepinati senza trascurare nessun aspetto culturale. L'esposizione, ordinata in sequenza cronologica dalle età più antiche al basso medioevo, presenta materiali archeologici provenienti dalla città, dalle necropoli e in minor parte dal territorio. Tra gli altri, vengono rappresentati i temi del gioco, dell'illuminazione, delle attività produttive, dell'occorrente da mensa, della decorazione architettonica e pittorica degli edifici e una sezione specifica dedicata alla necropoli, dei riti e dell'ideologia funeraria