Il museo raccoglie opere di proprietà dello Spedale degli Innocenti, soprattutto dipinti (Ghirlandaio, Botticelli, Piero di Cosimo) ma anche sculture (Luca della Robbia), arredi, mobili e codici miniati. È ospitato in quello che era l’“abituro dei fanciulli”, sopra il loggiato della facciata.<br>Alcune sale raccontano la storia del rapporto che l’istituzione ha sempre avuto con la città, e come si accoglievano gli ‘innocenti’ tra ‘400 e ‘500.