Il museo ha sede dal 1881 nel vasto palazzo della Crocetta, costruito attorno al 1620 – forse su progetto di Giulio Parigi – per la principessa Maria Maddalena de’ Medici, sorella di Cosimo II.<br>Al primo piano si visita la sezione egizia, seconda in Italia solo al Museo Egizio di Torino. Sono esposti i reperti della collezione Nizzoli (acquisita nel 1824), della campagna di scavo ‘sponsorizzata’ da Leopoldo II di Lorena e condotta fra 1828 e 1829 da Ippolito Rossellini, e i materiali rinvenuti da Schiapparelli nelle sue campagne archeologiche in Egitto del 1885 e del 1891-92.<br>La sezione di etrusca – divisa tra primo e secondo piano – comprende tanto splendidi capolavori della scultura funeraria chiusina in pietra fetida, quanto una serie di bronzi. Sono pezzi fondamentali la Chimera d’Arezzo (quarto secolo avanti Cristo) che fu restaurata da Benvenuto Cellini, la Minerva di Arezzo (terzo secolo avanti Cristo), il sarcofago fittile policromo di Larthia Seianti (secondo secolo avanti Cristo) e l’Arringatore (primo secolo avanti Cristo).<br>Iil cosiddetto Idolino di Pesaro, rinvenuto nel 1530, è un raro bronzo greco del V secolo avanti Cristo. Fu modello per molti artisti, così come lo fu una Testa equina, opera greca d’età ellenistica, presa a esempio da Donatello e da Verrocchio per i loro monumenti equestri.<br>Nella collezione delle ceramiche attiche spiccano il vaso François, cratere a figure nere del vasaio Ergotimos e del pittore Kleitias (570 avanti Cristo), l’hydria a figure rosse del Pittore di Meidias (circa 550 avanti Cristo), e le coppe dei Piccoli Maestri (560-540 avanti Cristo). Notevoli, tra le sculture greche, anche due kouroi risalenti al sesto secolo avanti Cristo conosciuti come Apollo Milani e Apollino Milani, dal nome del donatore.<br>Il giardino fu risistemato nella prima metà del ’700 da Francesco Romoli, e ancora all’inizio del ’900, quando tra alberi centenari fu allestita una sorta di ‘museo all’aperto’, con tombe etrusche ricomposte utilizzando materiali di recupero.