Il museo è contemporaneamente una zona di scavo e un luogo espositivo. Sono presenti significative strutture di varie epoche, che evidenziano come questo luogo sia stato abitato da almeno 4.500 anni e da almeno 2.500 utilizzato come zona sacra. In particolare sono ben visibili i resti della cripta romanica della precedente cattedrale (XII secolo) legata alla traslazione della prodigiosa icona bizantina della Madonna della Madia, a cui è dedicata l'attuale cattedrale barocca. Nel museo sono stati ricollocati preziosi resti scultorei in stile romanico, gotico, rinascimentale e barocco. Tra essi spicca un prezioso architrave romanico (XII secolo) che narra il tema della salvezza; il tutto è inoltre arricchito da una ricca collezione di vasellame antico e da una mostra temporanea