Scopo del museo è tutelare, migliorare e incrementare la flora, la fauna, la geologia e l'ambiente del Giardino-Orto botanico di sua proprietà, e promuovere la sensibilizzazione naturalistica e ambientale fornendo materiali, spunti e occasioni di approfondimento delle tematiche legate alla natura, all'ambiente e alla sua biodiversità. Il percorso espositivo si sviluppa in varie sezioni: terrazza d'osservazione da cui si gode una visione panoramica sul giardino e sulle scogliere di Copanello; Sala mediterranea, con un angolo dedicato alla geologia del promontorio e mostre fotografiche sulla flora e la fauna; sala Barriera corallina, un grande diorama sull'habitat subacqueo di un mare tropicale; sala Conchiglie dove sono raccolti oltre 1.000 esemplari provenienti da tutti i mari del mondo; sala Il Pesce diavolo, presente negli abissi del mare Ionio; Giardino-Orto botanico con i primi due terrazzi a picco sul mare. Un'ulteriore sezione è dedicata al laboratorio didattico dove sono esposti i migliori lavori realizzati dagli studenti. Inserita all'interno del museo una sala degustazione con attività di educazione sensoriale sui prodotti dell'agricoltura biologica