Il museo è nato nel 1992 come mostra temporanea legata alle manifestazioni per il quinto centenario della morte di Lorenzo il Magnifico. La mostra è divenuta un museo stabile l'anno successivo in occasione delle celebrazioni per il quinto centenario della nascita del letterato fiorentino Agnolo Firenzuola (1493-1543), che dal 1538 al 1543 visse a Prato e nei suoi dintorni e fu abate della badia di S. Salvatore. Il museo è allestito nell'ex refettorio del monastero benedettino di S. Salvatore, passato ai Vallombrosani nel 1073, e nell'appartamento dell'abate. Conserva arredi della chiesa, reperti ceramici e manufatti medievali pertinenti all'area della badia di S. Salvatore, soppressa nel 1808, e all'abitato longobardo altomedievale, precedente la fondazione del monastero. Ospita anche mostre temporanee legate all'arte sacra e alla storia locale