Il museo espone materiale archeologico proveniente dal santuario di Esculapio e dall'area urbana di Fregellae, distrutta nel 125 a.C. per essersi ribellata a Roma. Si segnalano in particolare l'altare in tufo, con iscrizione dedicatoria, numerosi ex voto e frammenti dei personaggi del frontone, resti di un fregio storico che narra le gesta dei soldati fregelliani durante la guerra contro Antioco III di Siria (II secolo a.C.); di rilievo anche due serie di telamoni in terracotta provenienti dalle terme pubbliche