Ospitato in un'ala del Palazzo vescovile, il museo raccoglie dipinti, paramenti, sculture, oggetti sacri, miniature, paliotti e vesti liturgiche provenienti per la maggior parte dalla cattedrale e da chiese del lodigiano. Interessanti gli affreschi di Callisto Piazza (Davide, La Giustizia), i dipinti di Alberto Piazza (S. Bassiano e S. Sebastiano) e le tavole con la Maestà (XIII secolo) e S. Bassiano (XIV secolo). Particolarmente rilevante è il Tesoro del vescovo Pallavicino: un tabernacolo in argento dorato e smaltato, e un baldacchino da processione. È possibile inoltre osservare 2.500 reliquie di santi. Fa capo al museo anche una scuola triennale di arte sacra per esperti di turismo religioso