Era l'edificio di rappresentanza, composto dalla «Basilica» (vi si discutevano le cause in presenza dell'imperatore), a tre navate divise da colonne e abside in fondo divisa da balaustra marmorea, e dalla grande Aula regia (l'imperatore vi dava udienza), con resti di muri ospitanti nicchie e resti dell'abside circolare (un'iscrizione commemora lo scavo del 1726); un vano contiguo è stato identificato, ma senza fondamento, con il Larario (cappella privata dell'imperatore); a nord, davanti ai tre ambienti, si disponeva il portico di facciata. Gli scavi effettuati sotto la basilica hanno scoperto una sala absidata (Aula isiaca), forse dedicata da Caligola al culto di Iside e in origine ornata di splendide pitture (scene di carattere sacro e fregio con simboli isiaci). Sotto il larario è stata trovata la ricca casa dei Grifi (fine sec. II a.C.), decorata da pitture in uno stile di transizione dal primo al secondo pompeiano e con pavimenti a mosaico. Opposto ai tre ambienti è il vastissimo peristilio, circondato da un porticato (avanzi del colonnato), dal quale si passa nello splendido triclinio imperiale («coenatio Jovis»), con resti del pavimento in marmo nella parte sin. e nell'abside rialzata; la sala da pranzo si apriva con grandi archi sul peristilio e ai lati, mediante finestre, su due ninfei a pianta ovale (se ne conserva quello destro). In questo ninfeo, e sotto il casino del Belvedere (la loggia ad arcate fu affrescata dalla scuola degli Zuccari), fu rinvenuta parte di un ricco pavimento in marmi colorati, con disegno a riquadri, dischi e arabeschi: appartiene alle costruzioni di Claudio o di Nerone che sorgevano sull'area. Anche sotto il triclinium e le sale adiacenti si sono scoperti cospicui avanzi di costruzioni anteriori; notevole un ninfeo, adorno di rari marmi, da attribuire alla «Domus Transitoria» (era la casa di Nerone prima dell'incendio del 64). Al di là del triclinio si vedono alcune colonne di un portico limitante il palazzo dalla parte del Circo Massimo e resti di sale, forse adibite a biblioteche; a ovest del ninfeo è il podio del tempio di Apollo Aziaco, dedicato da Ottaviano Augusto nel 36 a.C. e inaugurato nel 28 a.C. dopo la vittoria di Azio.