Il museo presenta la storia delle popolazioni della Capitanata dall'anno zero a oggi. L'esposizione si apre con la descrizione dei confini della Provincia, attraverso le cartografie tematiche, per proseguire poi con l'identificazione degli insediamenti e dei centri urbani dal I al XV secolo d. C. Nel suo attuale allestimento il Museo presenta due sezioni: una introduttiva e l'altra in cui si esemplificano alcuni aspetti della produzione materiale e artistica della Capitanata nel Medioevo. Un saggio sulle risorse archeologiche e sul patrimonio storico-artistico della Capitanata conclude la rassegna documentaria