Il museo è ospitato nell'edificio del Liviano (Gio Ponti, 1939). Si segnala la cinquecentesca collezione del letterato e umanista padovano Marco Mantova Benavides di rilievo sia per la rarità d'insieme sia per i pezzi di scultura antica (stele attica, statuette greche, ritratti romani) e rinascimentale (Donatello, Bartolomeo Ammannati). Il museo ospita inoltre una ricca serie di ceramiche, oggetti votivi e di uso domestico databili dalla preistoria alla tarda antichità e una gipsoteca, ora completamente rinnovata, che ospita calchi di capolavori della scultura greco-romana