Costituiscono il nucleo storico delle collezioni di palazzo Farnese, dove sono confluite molte raccolte provenienti da palazzi cittadini. L'edificio, eretto dal 1558 su disegno di Francesco Paciotto, fu proseguito dal Vignola e i lavori furono interrotti nel 1602. La visita comprende: il Museo civico con affreschi del XIV-XV secolo e sculture del XII secolo; la Pinacoteca (dipinti raffiguranti I Fasti farnesiani eseguiti fra il 1680 e il 1720 circa da vari artisti tra i quali Sebastiano Ricci, Ilario Spolverini, il Brescianino; la Madonna adorante il Bambino con San Giovannino di Sandro Botticelli); il Museo delle Carrozze con berline, carrozzine per bambini, carrozze scoperte, landò; il Museo del Risorgimento con manifesti, proclami, uniformi, medaglie, monete, ritratti che documentano la storia risorgimentale dai primi moti al 1859; il Museo archeologico che espone materiali dal Paleolitico inferiore al Neolitico alla fine dell'età del Bronzo; nei locali è visibile anche il famoso fegato etrusco in bronzo.