Il museo, inaugurato nel 1995 dopo un completo rifacimento della sede originaria e del vecchio allestimento, si trova nello storico palazzo Mazzarotta. Vi si può ammirare una vasta collezione di reperti archeologici provenienti da tutti i più importanti siti molisani, come Larino, Sepino e Bojano; si tratta di reperti che vanno dalla preistoria all'epoca tardoromana, come statuette, vasellame e monili. Notevoli i materiali provenienti da corredi funerari di sepolture italiche e la ricostruzione di una tomba rinvenuta nella necropoli longobarda di Campochiaro