Il museo è organizzato in articolate sezioni specialistiche. Al pianterreno si trova una sala introduttiva sulla storia del museo (con la rara foca monaca), mentre il primo piano ospita la nuova sezione Ambiente Terra (diorami, plastici, spot interattivi) e le raccolte di mineralogia, paleontologia e zoologia (coppia di condor delle Ande, paradisee, colibrì, formichiere gigante)