Fondato da papa Gregorio XVI nel 1839, il museo fu ideato dal padre barnabita Luigi Maria Ungarelli, uno dei primi egittologi italiani, il quale ordinò materiali provenienti da villa Adriana a Tivoli e altri già esposti in Vaticano e nel Museo Capitolino. La raccolta comprende ricostruzioni di tombe, stele funebri, statue, sarcofagi e mummie.