Il percorso lungo le quindici sale del museo, tutte meritevoli di attenzione, racconta l’emozionante storia dell’arte a Milano e in Lombardia dall’età paleocristiana fino al ’500, in un allestimento che sostanzialmente è ancora quello elaborato fra 1947 e 1956 dallo Studio BBPR. Fra le opere di maggiore interesse, la testa marmorea detta dell’imperatrice Teodora (sesto secolo); il monumento sepolcrale di Bernabò Visconti (opera trecentesca di Bonino da Campione); il gonfalone di Milano (ricamato e dipinto nel 1566); le decorazioni delle pareti e soprattutto della volta della sala delle Asse, ispirate e in parte realizzate da Leonardo (fortemente rovinate e oggetto di un restauro in corso); il bassorilievo di Agostino di Duccio dalla cappella di S. Sigismondo nel quattrocentesco Tempio Malatestiano di Rimini; la Cappella Ducale; la grande sala Verde con i tre portali scultorei (portale quattrocentesco del Banco dei Medici) e i pezzi dell’Armeria; il finissimo monumento sepolcrale di Gastone di Foix di Agostino Bambaia (1522).