Accanto alla Chiesa della Misericordia, si trova un piccolo museo che custodisce cimeli storici dell'epoca napoleonica: paramenti, vasi, ostesori e calici sacri. Tra gli oggetti di maggior valore troviamo la Bandiera con le tre api ricamate in filo d'oro che Napoleone donò all'Elba il 4 maggio 1814, la maschera in bronzo di Napoleone morente donata dal principe Anatolio Demidoff e il calco bronzeo della sua mano destra donato dal Museo dell’Armée de Paris. Dal 2016 all'interno del museo è conservata anche un'ambulanza a trazione manuale restaurata dalla Misericordia di Portoferraio: un piccolo tesoro che senz’altro vale la pena di vedere.