Uscendo dalla chiesa di S. Maria a Mare, la visita continua nella zona riservata ai badiali: il primo chiostro (il più antico) è ornato da un pozzo settecentesco; il secondo (detto chiostro Nuovo) è ricco di preziosi medaglioni e vi affaccia il dormitorio dei Canonici lateranensi: sebbene ne rimanga un solo lato, la struttura ricorda lo Spedale degli Innocenti di Brunelleschi; dalla fronteggiante balconata a picco sul mare, lo sguardo spazia sull'isola di San Domino.<br>Oltrepassati il portale e la galleria che immette nell'ultima piazza, ci si trova al cospetto del torrione dei Cavalieri di S. Nicolò, ultimo baluardo dell'abbazia di fronte alla piana disabitata. Per l'alta galleria aperta nel torrione e una poderosa porta ci si immette sulla strada a gradoni verso la Tagliata, strozzatura dell'isola realizzata artificialmente per meglio difendere il sito: voltandosi indietro, si ammira il torrione, munito di un gigantesco occhio a guardia del passaggio obbligato.<br>Raggiunto il pianoro 'asinario', così detto per gli asini che vi pascolavano, oltre la vasca di S. Nicola, ultima opera di ingegneria dei religiosi, si allunga una zona archeologica: qui, in mezzo a una vistosa macchia mediterranea, sono le fondamenta di un'ara votiva, alcune sepolture a fossa, una tomba a tholos attribuita a Diomede e, dall'altro lato, la tomba di Giulia. In direzione del cimitero si scorgono i tumuli delle sepolture dei ras libici deportati qui nel 1911 durante la guerra; lo sguardo spazia sul mare e nelle giornate particolarmente terse raggiunge anche l'isola di Pianosa.<br>L'Isola merita una circumnavigazione in barca per ammirare la spettacolare morfologia della costa: verso sud si aprono la grotta Testa di Morte e quella del Ferraio; doppiata la punta del Cimitero, vertice orientale dell'isola, è, oltre la spiaggia Marinella, la grotta della Madonna.