Al piano terra di un futuristico edificio, il museo si caratterizza per una moderna concezione dell'allestimento museografico: la scarsa illuminazione che colpisce il visitatore, solo alcuni led colorati al primo ingresso, è appositamente ideata per una perfetta conservazione del colore delle oltre 10.000 farfalle esposte, rappresentanti tutte le 250 specie diurne conosciute in Italia: la luce di una determinata area si accende solo alla presenza di una persona, in modo che le farfalle ricevano la luce per meno tempo possibile. Le farfalle sono conservate e contenute in teche, e sono esposte innanzi a gigantografie che rappresentano il loro ambiente naturale di vita, dalle Alpi agli Appennini, dai ghiacciai al mare. La visita è suddivisa in quarantotto stazioni, disposte a formare cinque percorsi itineranti: temporale, ambientale, geografico, scientifico ed ecologico. Inoltre postazioni dedicate agli insetti amici e nemici delle farfalle, alle farfalle della notte e a quelle presenti in tutto il mondo