Il museo situato nell'ambito del complesso museale Santa Maria della Scala, si articola in due sezioni principali. L’Antiquarium, dove sono confluite le collezioni pubbliche e private che costituiscono il nucleo originario del museo e la Sezione Topografica che presenta una panoramica sull'archeologia del territorio senese con notevoli reperti rinvenuti anche in recenti campagne di scavo